医工融合意识不足，实质性融合不到位。虽近年来大力提倡医工融合，但“形融”有余而“意融”不足。因多学科因存在知识壁垒，特别是医学和理工学科的学科特点迥然不同，导致实质性融合不到位，以致双方在相互合作的过程中，更因不熟悉对方的知识和技术，特别是理工科研究人员不能很好地理解临床需求，造成合作主动性的缺乏，又因缺乏有效沟通，出现双方研究结果相互脱节，难以实现优势互补，不能够实际有效地解决临床需求。

成果的临床应用性较弱，成果产业转化不足。医工融合的一个重要目标是将科学研究的新理论和新方法迅速、有效的转化为新技术、新产品, 来解决临床上的各种诊疗难题， 但在实际工作中，因学科之间沟通不到位，理工科对临床需求认识不彻底，导致研究出来的成果未能满足临床需求。因而，造成研究成果难以进行产业转化，很多研究成果停留在科研设计层面, 距离市场产业化较远, 难以转化和普及，无法实现预期的经济效益和社会效益。

“医产学研用”全链条不贯通。由于不同科研机构在医工融合理念的普及、资源建设、合作关系扩展以及学科建设上的规划不同，导致科研机构的管理部门在管理模式上以偏概全， 没有打通“医产学研用”的全链条。大部分科研机构存在尚未搭建有效的医工融合平台和完善的技术转移转化制度，不具备医工融合长效沟通合作机制，以及未建立医工融合科技创新成果评价机制和激励保障机制等问题。

医工融合教学和人才培养方面难。医工融合需从根本上培养相关人员的知识架构和创新能力素质，使之具备多学科知识背景，但因受限于国内研究生培养模式，投入科学研究的精力较少，从事医工融合研究的条件较弱，难以成为真正意义上的医工交叉科研人才。